Kirurgias kasutatavate meditsiiniliste instrumentide jaoks on kaks steriliseerimismeetodit, nimelt steriliseerimine kõrgel temperatuuril ja steriliseerimine madalal temperatuuril.
1. Kõrgtemperatuuriline steriliseerimismeetod on kõrge kuumuse kasutamine mikroobsete valkude denatureerimiseks, et saavutada bakterite tapmise eesmärk. See on kliiniliselt kõige laialdasemalt kasutatav ja tavaliselt kasutatakse surveauruga steriliseerimist, mis sobib instrumentidele ja esemetele, mis taluvad kõrget niiskust ja kuumust. Samuti on olemas kiirsteriliseerimine auruga, mida saab kasutada paljaste instrumentide ja esemete jaoks.
Teiseks steriliseerimine madalal temperatuuril, kasutades sageli steriliseerimist etüleenoksiidiga. Kõige kliinilisem kasutusala, eeliseks on see, et see ei kahjusta steriliseeritud esemeid, sellel on tugev läbitungimisvõime ja see hävitab hästi mikroorganisme. Madala temperatuuriga formaldehüüdi auruga steriliseerimist saab kasutada meditsiiniseadmete puhul, mis ei talu kõrget temperatuuri.
