Hüsteroskoopia erineb laparoskoopiast väga palju. Hüsteroskoopia sobib emakaõõnes esinevate kõrvalekallete korral, näiteks kas on olemas endomeetriumi polüübid, kas endomeetrium on haige, kas endomeetriumis on lüngad, kas on mediastiinum, peamiselt selleks, et näha olukorda emakas ja on kõrvalekaldeid emakas. Hüsteroskoopi kasutatakse tavaliselt mitmesugustes hüsteroskoobi all tehtavates toimingutes. Laparoskoopia on erinev. Laparoskoopia on peamiselt selleks, et kontrollida, kas vaagnal, emakas ja munasarjades on probleeme, näiteks munasarjatsüstid, emakafibroidid, munajuhade vedelikud või hüdropsid. Sellisel juhul saab kasutada laparoskoopiat. On ka eriolukordi, näiteks munajuhade blokeerimine, kui on vaja hüsteroskoopiat koos juhtmetraadi sekkumisega, saab mõlemat korraga kasutada. Seetõttu, nagu nimigi ütleb, kasutatakse emakaõõnes teatud diagnoosimiseks ja raviks hüsteroskoopiat, laparoskoopiat aga peamiselt kõhuõõnesisese laparotoomia ja avatud operatsiooni jaoks. Laparoskoopiat kasutatakse tavaliselt kõhuõõne kirurgias.
